In de heemtuin is een aantal waterpartijen aangelegd, die inmiddels heel natuurlijk aandoen. Er is een aantal kunstgrepen toegepast omdat het gebiedje van nature droog is en het grondwater diep zit. Ven, beek en poelen worden gevoed met opgepompt grondwater.

Hoewel het ven in de heemtuin een natuurlijke aanblik biedt, is het aangelegd. De bodem en zijkanten zijn met een dikke laag leem bedekt om het water in het ven te houden. In het zuidoosten is een moerasgebiedje aangelegd  met waterdrieblad en wateraardbei. Verder groeit in het water onder meer moerashertshooi, lisdodde, waterlelie en gele plomp.

Beken spelen ook een belangrijke rol in het Brabantse landschap.
De mens bouwde zijn nederzettingen bij voorkeur in de nabijheid van een beek.
De beek levert drink- en waswater, energie (watermolen),transportmogelijkheden en dus handel.

Doordat beken door het landschap meanderen houden ze water vast en het omringende land vochtig.

In de Heemtuin is een beek aangelegd tussen Sijmens paddenpoel en het grote ven. Voordat de beek uitmondt in het ven stroomt zij door een aantal kleinere geultjes, de Sijpeltjes.

Onze poelen zijn verschillend van diepte. Ook deze zijn uitgegraven en van een leembodem en leemoever voorzien. De ondiepere poelen warmen snel op en hier leggen dan ook de bruine kikker en pad hun eitjes. Poelen zijn gegraven als drinkplaats voor vee of opslag voor bluswater. Ze bevatten veel soorten waterplanten en een rijk insecten- en amfibieleven.